A Secção de Natação do CD Nacional é uma das áreas mais emblemáticas do clube, promovendo a modalidade na Região e fora dela, somando títulos e batendo recordes.
A 28 de março de 2009 fica o registo de mais um importante feito. A conquista do título de vice-campeão de Portugal da 1ª Divisão nos 4x200m Livres com o tempo de 7.43.38, o que constituiu um novo Recorde Absoluto para a Madeira.
Paulo Franco, Tomás Freitas, Óscar Melim e Luís Pinto foram os nadadores que conseguiram essa façanha.
