A segunda participação do Nacional na Taça UEFA foi em 2006 e ditou uma eliminatória de acesso à Fase de Grupos diante do Rapid Bucareste.
A derrota por 1-0 na Roménia deixou tudo em aberto para o jogo da segunda mão, na Madeira e aí o golo de Juliano Spadacio soube a pouco no final dos 90 minutos. No prolongamento os romenos foram mais felizes, e beneficiando da superioridade numérica motivada pela expulsão de Bruno Basto, acabaram por vencer NESTE DIA por 2-1, adiando o sonho alvi-negro de chegar à fase de grupos da competição.
